阿克塞哈萨克族自治县境内河流主要有大、小哈尔腾河、安南坝河、青石沟河，均发源于上述高山地带。其他的问歇性（季节性）小溪小河，主要源于上游冰山和高山积雪融水，流程短，渗漏大，水量小。山区还有泉眼,水流丰富，水质多佳。 [4]
